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北京生科院基于新生突變解析神經(jīng)精神疾病共有致病基因和通路

DATE:2015-10-19    來源:齊一生物科技(上海)有限公司    點擊數(shù):

新生突變(de novo mutations,DNMs)是指父母的生殖細(xì)胞在減數(shù)分裂過程中發(fā)生并遺傳給下一代的突變,在多種散發(fā)性疾病,尤其是散發(fā)性神經(jīng)精神疾病中扮演著重要的角色?;诤诵募蚁档?a href="http://snti56.com" target="_self" _href="http://snti56.com">全外顯子測序(whole-exome sequencing, WES)和全基因組測序(whole-genome sequencing, WGS)已經(jīng)成為鑒定DNMs最直接有效的方法。

近日,中國科學(xué)院北京生命科學(xué)研究院吳金雨等課題組通過分析4種神經(jīng)精神疾?。╝utism spectrum disorder,ASD;epileptic encephalopathy,EE;intellectual disability,ID;schizophrenia,SCZ),共計3,555個核心家系的17,104個新生突變,研究發(fā)現(xiàn):1)神經(jīng)精神疾病患者比正常對照個體具有更高的突變速率 (P < 1.3E-7),首次發(fā)現(xiàn)升高的突變速率主要是由無義突變、有害的錯義突變和移碼突變造成的,說明這些有害突變對神經(jīng)精神疾病的發(fā)生具有重要影響;2)基于這些有害突變,總共鑒定了764個神經(jīng)精神疾病致病基因。在這些候選基因中,不但包括已知的致病基因,例如CHD8, SCN2A, RLEN, NRXN1 等,還包括多個新的候選基因,例如SUV420H1,SLC35A2,KATNAL2,TAF13 等;3)同時發(fā)現(xiàn)53個候選基因存在于兩種以上疾病中,顯著高于隨機(jī)情況(P < 1E-6),暗示這些疾病的分子通路和遺傳機(jī)制具有很大的交集;4)研究人員還利用人腦的腦皮層表達(dá)數(shù)據(jù),發(fā)現(xiàn)四種神經(jīng)精神疾病候選基因在構(gòu)建共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)上面也具有相似的表達(dá)模式;5)此外為方便相關(guān)科研工作者,研究人員基于上述收集的四種神經(jīng)精神疾病核心家系測序得到的新生突變數(shù)據(jù)構(gòu)建了NPdenovo數(shù)據(jù)庫。同時,還對這些突變進(jìn)行了詳細(xì)注釋,方便用戶挖掘相關(guān)致病基因。

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圖1. NPdenovo 數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù)分析流程 

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圖2. 四種神經(jīng)精神疾病中潛在致病基因的鑒定以及重合情況 


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